吳守禮的父親曾受教於進士許南英門下，亦曾周遊中國和日本，家中常有詩人聚集，耳濡目染下，吳守禮自小便喜好漢詩文，且熟讀《文學初階》、《唐詩三百首》、《尺牘如面談》等。先生八歲入學，修習日本。初中、高中接受英文、德文教育，1930年入學台北帝國大學文政學部，主修東洋文學，師從專擅考證學的神田喜一郎（1897-1984）助教授。同時，亦向著名漢語、閩南語及南島語學者小川尚義研習語言學課程。
1933年，吳守禮以〈詩經の文法的研究―主とに一二虛詞つい—〉（《詩經》文法研究——關於「其」字）畢業論文完成大學學位。隔年留在文政學部擔任神田教授的副手。1938年，在神田教授的推介下，遠赴日本，任職京都東方文化研究所（今京都大學人文社會科學研究所），協助倉石武司郎，從事中國話辭典資料的翻譯工作，作品包括林蘭原《閩粵民間故事》之〈雷賣的董仙人〉、標準語辭典、國語辭典、王雲五《國語大辭典》、林蘭原《動植物故事》之〈紅芯的人參（紅蘿蔔）〉，並署名神島倉吉。
此外，吳守禮每週都會上兩次由旗人戲曲專家傅芸子講授的北京話課，並旁聽經學文學和歷史學研究室成員舉辦的「經學文學共同研究」，內容包括元曲、《尚書》、中國國語學相關文獻等。1942年，在吉川幸次郎的推薦下，為朝日新聞籌劃出版的《亞細亞語學叢刊》撰寫「廈門話」部分。
1943年4月，吳守禮返回台北帝國大學南方人文研究所擔任囑託，負責中文日譯工作，並在台灣總督府主持的《南方大系》叢書編纂中，負責調查福建和廣東地方誌目錄。在讀完羅香林《客家研究導讀》和《客家的方言》後，有感於閩南人沒有一部研究自己母語歷史的著作，開始搜集相關資料，並陸續在《民俗台灣》發表〈廈門的地理的環境及沿革〉、〈語言和習俗〉、〈評「支那民族的形成」〉、〈台灣羅馬字和基督教宣教師〉等。